探序基因肿瘤研究院，生物信息解决方案

1. clusterProfiler

BiocManager::install("clusterProfiler")

参考：

https://www.jianshu.com/p/da9f5ccade9c

2.COSG包（鉴定单细胞cluster的marker基因）

library(remotes)

remotes::install_github(repo='genecell/COSGR')

参考：

单细胞分析工具||COSG鉴定marker基因(http://www.360doc.com/content/23/0719/10/76149697_1089202947.shtml)

3. GSVA，GSEAbase，msigdbr

BiocManager::install("GSVA",update = F,ask = F)

install.packages("msigdbr")

参考：简书-免疫浸润，知乎-RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析

4. irGSEA包-单细胞基因集打分

提示：安装前要把所以来的各种包安装好，而且对R的版本有要求。

devtools::install_github("chuiqin/irGSEA")

参考：

B站-王胖的生信笔记第21期：网友的irGSEA包

简书-irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（中文教程）

简书-单细胞基因集打分实操之irGSEA

5. scmetabolism-单细胞量化代谢活性

#官方的安装步骤

#先安装依赖包

install.packages(c("devtools", "data.table", "wesanderson", "Seurat",  "AUCell", "GSEAbase", "GSVA", "ggplot2","rsvd"))

devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0") #Please note that the version would be v2.1.0

#如果有些包安装不上，尝试使用BiocManager::install进行安装，比如GSVA包

BiocManager::install("GSVA")

#安装scmetabolism

devtools::install_github("wu-yc/scmetabolism")

注意：安装VISION包时，依赖plumber包，又依赖sodium包。这个包需要sudo apt-get install libsodium-dev

参考：简书-单细胞量化代谢活性-scmetabolism