说实话,我学生信最先接触的也是转录组,只是似乎转录组早就走到了穷途末路,最近一直没什么新花样了。慢慢地单细胞空间组学有了一点意思,不过对没有实验条件的同学或者医生,或者基础不太好的同学,等学会又烂大街了!在这里我介绍一种最近看到的思路就是:QTL+孟德尔随机化。孟德尔随机化因为可以发现因果关系备受杂志青睐,与RCT直接相关,两者有很高的相似性,孟德尔随机化的核心其实是利用了孟德尔第二定律,也就是自由组合规律(law of independent assortment),当具有两对(或更多对)相对性状的亲本进行杂交,在子一代产生配子时,在等位基因分离的同时,非同源染色体上的基因表现为自由组合,这一过程类似于随机对照试验中的随机分组。eQTL是指与单个基因 mRNA 表达量相关的 DNA 突变。eQTL可分为顺式作用eQTL(cis-eQTL)和反式作用eQTL(trans-eQTL)。QTL研究本身具有重要的研究意义,能够阐明DNA序列变异与可定量化的中间分子表型的量化调控关系。基于eqtl或pqtl数据开发,并结合疾病GWAS数据来映射疾病相关联的基因、蛋白等,从而揭示疾病发病机制及筛选药物靶点(直接复制的)。意思就是:有公共数据+挖掘+大力出奇迹,最重要的是不需要实验+能出高分!文章1:Circulating Proteins Influencing Psychiatric Disease: A Mendelian Randomization Study. DOI: 10.1016/j.biopsych.2022.08.015.文章2:Association between genetically proxied PCSK9 inhibition and prostate cancer risk: A Mendelian randomisation study. DOI:10.1371/journal.pmed.1003988.
都是10分以上的SCI,用的都是公共数据库,大家感兴趣的可以自己学习一下,网上资料不多,可能学习曲线比较长。有时间我再给大家复现一些高分的。